IIA 向美国国会提交的《改善公司治理的建议》（2002）指出，健全的治理结构建立在董事会所属的审计委员会、执行管理层、外部审计和内部审计四个“基本主体”的协同之上。作为“其他治理主体可以依赖的一种极具价值的资源”，内部审计除了向董事会（审计委员会）和管理层提供财务支出、经济活动、内部控制、风险管理的持续监督评价之外，还在董事会（审计委员会）、管理层和外部审计之间发挥了重要的协调作用。内审部门将协调贯穿整个内审工作过程（Solomon，2005），可以缓解董事会（审计委员会）与管理层的冲突，还可以对外部审计时间和审计费用产生积极影响（戴耀华等，2007），从而降低交易成本，促进企业价值增值。

       毋庸置疑，内部审计可以在组织治理中扮演重要角色，且在不同治理结构中的职责和作用也不尽相同。比如，董事长兼任总经理或CEO 的情况， 两层委托代理关系合并为一层，内部审计对高管层的监督作用显然与董事、总经理（CEO）分置的情况明显不同。再如，在国有企业中，党委作为重要的治理主体，内部审计的职责和作用自然与非国有企业存在差异。衍生问题还有内部审计与纪委如何分工协作等。可见，由于不同治理主体对内部审计需求的期望不同，并不存在普遍“最优”的内部审计配置方式，它应当与所在组织的治理结构相适应， 但是需要遵守共性原则。

       内部审计应当把促进组织价值增值作为首要目标。阎金锷（1993）指出，建立和健全根据企业发展的内在需要以服务于企业的真正意义上的内部审计机构，是内审转换机制的关键。因此， 内部审计机构设置和职能配备要从企业内生需求出发，把是否能够促进价值增值作为基本的判断标准。向董事会（审计委员会）报告并不是“理所当然”的内部审计模式。实际上，强调这种模式在治理层面的作用，建立在股权分散并且董事会主要由外部董事组成的前提条件之下。但在我国，尤其是国有企业，企业股权结构相对集中，大部分存在控股股东或实际控制人。同时，董事长往往代表控股股东或实际控制人参与企业经营管理。由于治理环境的差异很大，不能简单地从形式上照搬，而应从价值增值的实际出发，设置内部审计机构和职能。

       一般认为，内部审计的质量与客观性有关，而客观性很大程度上取决于独立性，即威胁客观性的重大利益冲突。一段时间以来，监管当局和职业组织都提倡提高内部审计的独立性，以确保客观性。公司治理失败案例促使监管当局提倡内部审计应当直接向董事会（内部审计委员会）报告，通过提高审计独立性来强化内部审计对高管层受托责任的控制。职业组织则期望通过提高内部审计独立性来提升内部审计的职业地位。公司治理理论的发展和高管层履行受托责任出现的种种问题，又为这种期望的实现创造了条件。但需要强调的是，内部审计的独立性是相对的，只要内部审计内置而不是外包，审计人员就不可能超然于组织内部的利益冲突。比如，内部审计机构和人员的晋升、薪酬等很难真正独立。Bailey 等（2006）指出，内部审计的独立性应当依附于客观性，一味执着于独立性，容易造成内审部门和被审计单位的冲突与独立，因此，不要过分强调独立性，而应重点关注客观性。没有绝对独立的内部审计，内部审计的独立程度与其所承担的职能有关，只要能够确保内部审计人员客观履职，独立性就是足够的。